Bei den Bayern betreute Beckenbauer ab 1997 den Nachwuchs. Bis 2012 leitete er die U17 - und prägte eine Generation mit: Von Philipp Lahm und Bastian Schweinsteiger über Michael Rensingund Andreas Ottl bis zu Thomas Müller, Holger Badstuber und Mats Hummels - alle wurden von ihm trainiert.

In der Jugendarbeit fand der Familienvater letztlich sein fußballerisches Glück, vor acht Jahren kamnoch ein kurzes Intermezzo als Co-Trainer von Hermann Gerland bei der zweiten Mannschaft der Bayern dazu. "Ich bin zufrieden und kann mir vorstellen, das noch ein paar Jahre zu machen", hatte er der "Süddeutschen Zeitung" noch 2010 gesagt. Eine Karriere als Profi-Trainer strebte er nicht an - dann wäre er wieder der Sohn des Trainer-Weltmeisters gewesen. "Ich bin froh, in die Stadt gehen zu können und nicht alle drei Meter angesprochen zu werden", sagte er damals.

Als Aktiver blieb ihm eine ganz große Laufbahn wie vielen seiner Schützlinge verwehrt. Beckenbauer spielte in der Bundesliga für Saarbrücken und in den unteren Ligen unter anderem für 1860 München und die Bayern-Amateure. Er habe "immer nur Fußball spielen" wollen und sei bewusst "in denselben Bereich" wie sein Vater gegangen, sagte Stephan Beckenbauer der "SZ". Seine Brüder Michael und Thomas wählten andere Berufe. Sie mussten sich nicht dem Vergleich mit dem Vater stellen.