Zu seinem Angriff auf Merkel nach deren Rede auf dem CSU-Parteitag sagte Seehofer in der "Bild am Sonntag": "Zuallererst war ich nicht von der Rede enttäuscht, sondern von der Botschaft", sagte Seehofer der "Bild am Sonntag". Merkel habe "keinen einzigen Satz" zum Anliegen der CSU gesagt, die Zahl der Flüchtlinge mit einer Obergrenze zu reduzieren. "Kein Zeichen der Verständigung, obwohl sie meine Position kennt."

Seehofer betonte, dass es "keinen Bruch" zwischen ihm und Merkel gebe. "Wir werden trotz mancher unterschiedlicher Position weiter gut zusammenarbeiten", sagte der bayerische Ministerpräsident. CSU-Generalsekretär Andreas Scheuer sagte der "BamS": "Trotz unterschiedlicher Meinungen bleiben CDU und CSU eine starke Gemeinschaft."

Die saarländische Ministerpräsidentin Annegret Kramp-Karrenbauer sagte der "BamS": "Dies war keine Demütigung von Angela Merkel. Dies war der Unterschied zwischen einem Parteivorsitzenden auf einem Parteitag und einer Kanzlerin, die Verantwortung für Deutschland und Europa trägt."

SPD-Generalsekretärin Yasmin Fahimi warf Seehofer vor, sich "oberlehrerhaft und unerhört gegenüber der deutschen Bundeskanzlerin" verhalten zu haben: "Gerade in der jetzigen Situation ist das Verhalten von CSU und Seehofer unverantwortlich", sagte Fahimi dem Blatt.

Die Grünen-Politikerin und Vizepräsidentin des Bundestags, Claudia Roth, sagte der "BamS": "Es gehört sich nicht, dass man eine Frau vor versammelter Mannschaft derart vorführt. Das zeugt von einer schlechten Kinderstube." Mit seinem Verhalten habe sich Seehofer vom "demokratischen Grundkonsens" verabschiedet.

Seehofer hatte am Freitag die offene Konfrontation mit Merkel in der Flüchtlingspolitik gesucht und diese auf offener Bühne angegriffen. Die Kanzlerin hatte zuvor in einer Rede bekräftigt, gegen eine Obergrenze für die Aufnahme Flüchtlinge zu sein. Damit erteilte sie einer zentralen Forderung der CSU eine ausdrückliche Absage.