Die Züge sollen täglich außer mittwochs zwischen der Hansestadt und der Rheinmetropole pendeln. Bei der Jungfernfahrt waren rund 500 Gäste an Bord. Insgesamt erhofft sich das Unternehmen rund 500.000 Reisende pro Jahr auf ihren Bahnstrecken.

Neben Hamburg-Köln bedient das Unternehmen beispielsweise auch die Strecke Stuttgart-Berlin. Auf seiner Strecke nach Köln hält der Zug unter anderem in Osnabrück, Münster und Essen. Mit wenigen Minuten Verspätung kam der "Flixtrain" am Freitagmittag am Zielbahnhof in Köln an.