Um die Vorgaben und Ziele der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie zu erreichen, muss die Emscher abschnittsweise und stufenweise ökologisch verbessert werden. An der Emschermündung soll der neu zu schaffende, großflächige Auenbereich mit seiner Strukturvielfalt für gewässertypische Pflanzen- und Tierarten einen wichtigen Bestandteil der neuen Emscher bilden.

Mit der Planung soll eine attraktive und ökologisch wirksame Verflechtung der Flüsse Emscher und Rhein sowie darüber hinaus auch der beiden Natur- und Erholungsräume Rheinaue Walsum im Süden und Wohnungswald im Norden erreicht werden.

Nach Erhalt des Planfeststellungsbescheides begann die Emschergenossenschaft mit den ersten Vorbereitungen, so dass der Umbau der Mündung in 2014 starten konnte.

Da für die Entwicklung des Ökologischen Schwerpunktes Emschermündung der Hochwasserschutz gewährleistet sein muss, wurden zuerst neue Deiche und Hochuferverwallungen um die zukünftige Aue herum gebaut.

Für die Gesamtbauzeit ist ein Zeitraum von vier bis sechs Jahren veranschlagt. Aufgrund der Lage im unmittelbaren Einflussbereich des Rheines ist die tatsächliche Bauzeit allerdings stark abhängig von den auftretenden Abfluss- und Grundwasserverhältnissen des Rheins.

Nach Auskunft der Emschergenossenschaft ist der Umbau Bestandteil des Generationenprojekts Emscher-Umbau, in das die Emschergenossenschaft über fast 30 Jahre prognostizierte 5,266 Milliarden Euro investiert. Diese Kosten werden zu rund 80 Prozent von den Mitgliedern der Emschergenossenschaft getragen, das heißt von Bergbau, Industrie und Kommunen. Knapp 20 Prozent steuern das Land NRW und die EU über Fördermittel bei.

Der Umbau des Emscher-Systems wurde Anfang 1992 begonnen. Voraussichtlich Ende 2020 soll die Emscher, einst der "dreckigste Fluss Europas", weitestgehend wieder vom Abwasser befreit sein und - wo der Platz es zulässt - naturnah umgestaltet werden.