Das "neue" Unterlindenmuseum hat seine Fläche auf 8000 Quadratmeter verdoppelt. Die Baukosten von 44 Millionen Euro brachten die öffentliche Hand und private Geldgeber auf. Seine Gebäude gruppieren sich um den neu hergerichteten Unterlinden Platz. Auf der einen Seite stehen frisch renoviert der Kreuzgang und die Kirche des im 13. Jahrhundert erbauten Dominikanerinnenklosters, die 1853 zum Unterlindenmuseum umgewidmet wurden. Auf der anderen Seite befinden sich die hinzugewonnenen Häuser. Das 1906 errichtete ehemalige Stadtbad erstrahlt nun wieder in seiner Jugendstilpracht. Daran schließt sich nach einem Entwurf des Baseler Architektenbüros Herzog & de Meuron der Neubau für die moderne und zeitgenössische Kunst an. Das in die enge Altstadtbebauung "eingeklemmte" Haus erhebt sich mit drei Ausstellungsebenen auf langrechteckigem Grundriss. Die wenigen spitzbogigen Fenster greifen die Architektursprache des gotischen Altbaus auf.

Die Erschließung des Museums erfolgt über den neuen Eingang im Erdgeschoss der Nordfassade des ehemaligen Klosters. Der Rundgang ist von den archäologischen Funden im Untergeschoss des Altbaus bis zur Moderne im Neubau chronologisch inszeniert. Eine unterirdische Galerie verbindet die Gebäude. In ihr sind Landschafts- und Porträtmalerei überwiegend französischer Meister des 19. und frühen 20. Jahrhunderts untergebracht.

Auch die Kunst im Neubau ist überwiegend französischer Herkunft, darunter figurative Malerei. Reich vertreten ist Jean Dubuffet, dessen mit Kugelschreiber und Filzstift hergestellte Bilder gewollte Ungeschicklichkeit zum schöpferischen Prinzip erklären. Zu den Höhepunkten zählt ein von Picasso autorisierter Wandteppich, den Jacqueline de La Baume-Dürbach nach dessen berühmten Anti-Kriegsbild "Guernica" gewebt hat. Mit acht Gemälden und Zeichnungen besitzt das Unterlindenmuseum Frankreichs größte Sammlung der Werke von Otto Dix. Er war nach dem Zweiten Weltkrieg in einem Gefangenenlager am Rande Colmars interniert, durfte aber künstlerisch tätig sein. Inspiration verschaffte sich Dix bei Besichtigungen des Unterlindenmuseums, wo er insbesondere Grünewalds Isenheimer Altar und die Malerei Schongauers studierte.

Das Unterlindenmuseum besitzt auch eine in Frankreich einzigartig reichhaltige Sammlung deutscher Kunst des Mittelalters und der Renaissance. Seit der Wiedereröffnung ist Martin Schongauer und den Künstlern seines Umkreises ein eigener Saal eingerichtet. Seine Druckgrafiken mit religiösen Motiven dienten Künstlern in ganz Europa als Anregung. Zu den wenigen erhaltenen Gemälden Schongauers gehören die sich durch allergrößte Anmut der Figurendarstellung auszeichnenden Flügel eines Altaraufsatzes, die die Verkündigung des Erzengels Gabriel an Maria, die Geburt Christi und den heiligen Antonius darstellen. Zu Füßen des Antonius kniet betend Jean d'Orlier, der Stifter der Gemälde. Die Flügel gehörten zu einem nicht erhaltenen Marienaltar der Kirche der Antoniterpräzeptorei von Isenheim. Der Stifter war von 1463 bis 1490 Vorsteher dieses Klosters. Es hatte sich der Pflege von Kranken verschrieben, die vom "Antoniusfeuer" - einer Vergiftungserscheinung aufgrund verdorbenen Getreides - befallen waren. Jean d'Orliers Nachfolger als Vorsteher des 20 Kilometer von Colmar entfernt gelegenen Klosters war Guy Guers. Er beauftragte den "Grünewald" genannten Maler Mathis Gothart Nithart und den Bildschnitzer Niklaus von Hagenau mit der Herstellung eines Altars, der der Passion Christi und dem heiligen Antonius gewidmet ist. Bis zur Französischen Revolution stand der "Isenheimer Altar" in der dortigen Klosterkirche. Um seiner Zerstörung vorzubeugen, wurde das Meisterwerk 1792 zerlegt und nach Colmar geschafft. Dort hat es der im Chor der ehemaligen Klosterkirche der Dominikanerinnen aufgestellte Altar zum berühmtesten Werk des Unterlindenmuseums gebracht.

Und zwar wegen der ungeheuren Ausdrucksmacht der Lichtregie und Figuren, die ihre Gefühle durch Mimik und Gestik offenbaren. Ein Leidensbild bietet Grünewalds Gemälde des Gekreuzigten. Vor schwarzem Himmel tritt sein leichengrüner Leib in Erscheinung, der mit Wunden und Dornen übersät ist. Wie triumphal ist dagegen Jesu Auferstehung inszeniert: Er schwebt über dem Grab, präsentiert die Wunden an Händen wie Füßen und ist in Begriff, sich zur Lichterscheinung zu entkörperlichen.

Mehrfach ist der heilige Antonius ins Bild gesetzt, packend ist die "Versuchung" dargestellt: Ungeheuer greifen den zu Boden gegangenen Heiligen an. Doch Gott schickt Engel aus, um das Böse zu bekämpfen. Die eindrucksvollste Darstellung des heiligen Antonius hat jedoch Niklaus von Hagenau beigesteuert. Die farbig gefasste, lebensgroße Holzskulptur präsentiert ihn als Respekt einflößenden Greis, der über den Besuchern thront.